1957年建校籌備工作開始，1958年春成立內(nèi)蒙古中蒙醫(yī)學(xué)院建�；I備委員會(huì)，當(dāng)年開始招生，招有中醫(yī)、蒙醫(yī)兩個(gè)專業(yè)。內(nèi)蒙古中蒙醫(yī)院和中蒙醫(yī)研究所是當(dāng)時(shí)的附屬醫(yī)院。1958年夏，將內(nèi)蒙古中蒙醫(yī)學(xué)院與內(nèi)蒙古醫(yī)學(xué)院合并成立內(nèi)蒙古醫(yī)學(xué)院中蒙醫(yī)系。本年開始招收5年制蒙醫(yī)本科班，開創(chuàng)了蒙醫(yī)本科教育之先河。

1959年將內(nèi)蒙古醫(yī)學(xué)院蒙醫(yī)專業(yè)師生轉(zhuǎn)交給內(nèi)蒙古衛(wèi)生老干部培訓(xùn)學(xué)院，1961年回歸。1964年將中蒙醫(yī)系及附屬醫(yī)院轉(zhuǎn)交衛(wèi)生廳管理，1966年又返回醫(yī)學(xué)院。1972年附屬中蒙醫(yī)院轉(zhuǎn)交衛(wèi)生廳管理至今。

教學(xué)工作形成規(guī)模的蒙醫(yī)專業(yè)從1983年到2003年的20年期間停止了招生。但在黨的傳統(tǒng)醫(yī)藥政策的大力支持，尤其在內(nèi)蒙古自治區(qū)政府21世紀(jì)初出臺(tái)的重視蒙醫(yī)藥政策的扶持下2003年中蒙醫(yī)系又開始恢復(fù)招生，2006年成立了蒙醫(yī)藥學(xué)院。

1958～2008年期間，主要招收5年制本科生為主先后培養(yǎng)出1000余名學(xué)生。其中還開辦了5屆3年制大專班(1972～1976)、1屆4年制高等�？瓢唷�1屆3年制中專班。除此之外，還招收了7屆計(jì)劃外高等專科班�，F(xiàn)在校生達(dá)1000余名。

從1993年開始先后招收蒙古國(guó)留學(xué)生10個(gè)班級(jí)，到2012年為止，已培養(yǎng)112名留學(xué)生，現(xiàn)在在校留學(xué)生86名。1959～1960年舉辦兩屆全區(qū)蒙醫(yī)進(jìn)修班，1964年舉辦一屆蒙醫(yī)研究生班。

20世紀(jì)末，蒙醫(yī)高等教育進(jìn)入二次創(chuàng)業(yè)高潮，開始培養(yǎng)國(guó)內(nèi)外碩士研究生，1980年白青云教授培養(yǎng)了一名研究生。因當(dāng)時(shí)學(xué)校沒有授予權(quán)，未能授于碩士學(xué)位。1992年蒙醫(yī)醫(yī)史文獻(xiàn)專業(yè)獲得碩士研究生培養(yǎng)資格。當(dāng)年吉格木德教授任導(dǎo)師培養(yǎng)出首屆蒙醫(yī)文獻(xiàn)專業(yè)3名碩士研究生，在此基礎(chǔ)上逐步發(fā)展成能夠培養(yǎng)多方向碩土研究生的民族醫(yī)學(xué)專業(yè)和蒙醫(yī)系結(jié)合專業(yè)，先后培養(yǎng)百余名碩士，現(xiàn)在在讀碩土研究生達(dá)到百余名。

21世紀(jì)初，蒙醫(yī)高等教育迎來(lái)了第三次創(chuàng)業(yè)高潮，開始培養(yǎng)博士研究生。2004年內(nèi)蒙古醫(yī)學(xué)院與北京中醫(yī)藥大學(xué)簽訂聯(lián)合培養(yǎng)博土研究生合作協(xié)議，羅布桑、吉格木德兩位教授任導(dǎo)師，2005年和2011年分別與北京中醫(yī)藥大學(xué)和天津中醫(yī)藥大學(xué)聯(lián)合培養(yǎng)民族醫(yī)學(xué)（蒙醫(yī)學(xué)）和中藥學(xué)（蒙藥學(xué)）專業(yè)博士研究生。2006年和2007年分別開始招收蒙藥專業(yè)本科生和護(hù)理專業(yè)（蒙醫(yī)方向）本科生。2018年中醫(yī)學(xué)（蒙醫(yī)學(xué)）獲得博士學(xué)位授權(quán)一級(jí)學(xué)科。